Medzinárodná spolupráca

Europa3

Spolupráce v r. 2017:

  • V pokračujúcej spolupráci s Laboratóriom integrity DNA Ústavu živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, Liběchov, Česko bola študovaná odpoveď raného embrya na subcelulárnej úrovni po poškodení jeho DNA exogénnym induktorom. Výsledky dokumentovali zvýšený stupeň poškodenia molekuly DNA definovaný počtom dvojláknových zlomov molekuly DNA a zvýšenou fosforyláciou histonu H2AX. Ukázalo sa, že bezprostredne po poškodení DNA je prvý mitotický cyklus predĺžený ale následne poškodené preimplantačného embryo postupne zastavuje svoj vývoj. Analýza fenotypu embryonálnych buniek odhalila proces missegregácie mitotických chromozómov v priebehu delenia. Pri nižšom stupni poškodenia DNA bolo zistené, že signalizácia kontrolných mechanizmov bunkového cyklu sa neaktivuje ale embryo vo svojom prvom cykle neukončí kompletnú replikáciu inherentného genómu a vstupuje do druhej fázy delenia s nižším obsahom DNA (Dr. Baran).
  • V rámci projektu COST FA 1302 METHAGENE sa Dr. Grešáková v dňoch 19.-21. júna 2017 zúčastnila stáže vo Švédsku v Umea (Training school 2017- Dr. Grešáková). Stáž pod názvom “Breeding for complex traits” bola zameraná na štúdium a vyhodnocovanie znakov súvisiacich s emisiami metánu v chovoch prežúvavcov. V októbri 2017 sa v Caserte (Taliansko) konala záverečná schôdza projektu vo forme konferencie. Za náš ústav sa zúčastnili Dr. Váradyová, Dr. Kišidayová a Dr. Grešáková, ktorá mala prednášku s názvom „Effect of selected medicinal herbs from central Europe on methane production from in vitro ruminal fermentations“. S finančnou podporou projektu METHAGENE-STSM (short-term scientific mission) sa Dr. Monika Holodová zúčastnila mesačného zahraničného pobytu (9.10. – 9.11. 2017) na Prírodovedeckej Univerzite v Poznani v Poľsku (Department of Animal Nutrition and Feed Management, Poznan University of Life Sciences) v laboratóriu Prof. Adama Cieslaka, kde bola zapojená do práce s cieľom študovať nutričné faktory ovplyvňujúce produkciu metánu pri dojniciach s rôznym zdrojom krmovín a rôznymi diétami (STSM 2017 – Dr. M. Holodová). V rámci finálneho mítingu projektu boli v Caserte (Taliansko) vyhodnotené výsledky za celé obdobie trvania projektu od roku 2013 do 2017, zamerané na nové šľachtiteľské programy smerujúce k zníženiu emisií metánu z prežúvavcov. V priebehu trvania projektu METHAGENE sa pracovníci z nášho ústavu aktívne podieľali na experimentoch súvisiacimi s veľkoplošným meraním metánu u prežúvavcov a faktormi ktoré ho ovplyvňujú. Zúčastnili sme sa na experimentoch na Ústave poľnohospodárskych vied na oddelení výživy vo Švajčiarsku (ETH Zürich, Switzerland – STSM 2015 – Dr. J. Pisarčíková), v národnom inštitúte pre poľnohospodársky výskum vo Francúzsku (INRA, Clermont-Ferrand, France – STSM 2016 – Dr. L. Kolesar Fecskeová). Aktívne sme sa zúčastnili na medzinárodnom praktickom kurze o používaných technikách merania metánových emisií, štatistických porovnaniach, manipulácii a o analýze získaných dát pri prežúvavcoch (Poznan Univerzity of Life Sciences, Poland – Training school 2015 – Dr. M. Wencelová). Projekt METHAGENE prostredníctvom svojej siete vydal platformu zameranú na rozvoj nástrojov pre genetické zníženie emisií metánu pri prežúvavcoch (Dr. Váradyová a kol.)
  • V rámci spolupráce s Prírodovedeckou Univerzitou v Poznani v Poľsku (Department of Animal Nutrition and Feed Management, Poznan University of Life Sciences) s poľskými kolegami (prof. Adam Cieślak and prof. Małgorzata Szumacher-Strabel) sme uzavreli memorandum o spolupráci v rámci projektu: “The role of biologically active substances of Paulownia CLON IN VITRO 112 (R) in the methanogenesis and biohydrogenation regulation in ruminants”. Celý project je financovaný poľskou stranou a bude trvať tri roky 2017-2019 (Dr. Váradyová).
  • Študentka doktorandského štúdia Magdalena Bryszak z Prírodovedeckej Univerzity v Poznani v Poľsku (Department of Animal Nutrition and Feed Management, Poznan University of Life Sciences) sa zúčastnila 3 mesačného študijného pobytu (25.8. – 25.11. 2017) na ÚFHZ-SAV v laboratóriu trávenia a výživy na tému “Rastlinné sekundárne metabolity vo výžive prežúvavcov. Pobyt bol hradený z EÚ fondov “(The Project You study – You practice. Internship programme for students of the Faculty of Veterinary Medicine and Animal Sciences of Poznań University of Life Sciences in Poznań (Dr. Váradyová).
  • Short term missions v rámci projektu PiGuNet-34 dní 26.2.2017-31.3.2017, Univerzita prírodných vied v As, Nórsko. V rámci Short –term scientific mission Dr. Kubašová purifikovala bakteriocín, antimikrobiálnu substanciu-Enterocín B, ktorý je produkovaný kmeňom Enterococcus faecium IK25; tento enterocín môže byť zaradený do II. skupiny enterocínov, teplo-stabilných, malých peptidov. Purifikácia Ent B znamená možnosti jeho aplikácie v chovoch spoločenských, ale aj potravinových zvierat (Dr. Kubašová).
  • V rámci dvojstrannej spolupráci s Fakultou Veterinárnej Medicíny, Technická Univerzita v Lisabone (Portugalsko) pokračuje spolupráca pri preukazovaní prítomnosti génov pre produkciu bakteriocínov- plantariciov u kmeňov L. plantarum izolovaných z trusu rôznych zvierat. Testovali sme prítomnosť génov pre produkciu 9 plantaricínov (A, B, J, M, R, C, D, N, K) u 8 kmeňov Lactobacillus plantarum izolovaných z trusu rôznych zvierat: opica-mačiak, malpa-ZOO, pes, kačky, sliepky, bažanty, z ruminálneho obsahu a z ovčieho mlieka. Boli použité príslušné priméry a PCR. Zistili sme veľkú zastúpenosť génov pre plantariciny u kmeňov L17/1, S14B L13Ba teda z mlieka, z trusu sliepky a bažanta, kde boli prítomné gény pre všetky testované plantariciny. Najmenej génov bolo detegovaných u kmeňa KC21 z trusu kačky; u neho boli detegované gény pre produkciu 4 plantaricinov. Keďže tieto kmene majú prítomné gény pre produkciu plantaricinov, po in vitro testovaní inhibičnej aktivity s čo najväčším počtom indikátorových baktérií rôznorodého pôvodu, sa sústredíme na purifikácie plantaricinov z najaktívnejších kmeňov teda s najširším inhibičným spektrom na získanie substancií pre aplikačné použitie (Dr. Lauková, Dr. Kandričáková).
  • V rámci medziústavnej dohody o spolupráci s Kielanowski Institute of Animal Physiology and Nutrition, Jablonna, Poľská akadémia vied, ktorá je zameraná na testovanie citlivosti rôznych izolátov ke enterocínom sme testovali citlivosť izolátov Buttiauxiella spp. (izolovaných z trusu sŕn a jeleňov z lesných oblastí v Poľsku) ku enterocínom detegovaným a charakterizovaným na našom pracovisku. Zistili sme, že voľne žijúce zvieratá sú zaujímavým študijným materiálom pre mikrobiológiu, nakoľko k dispozícii sú len veľmi limitované poznatky o ich mikrobiote, vzhľadom na sťaženú dostupnosť materiálu. V spolupráci s poľskými kolegami sme vyšetrili fekálne vzorky z 21 voľne žijúcich zvierat (9 jeleňov a 12 sŕn) z lesných oblastí Poľska. V rámci Gram-negatívnych baktérií, ktoré môžu pôsobiť ako kontaminantné či choroby vyvolávajúce agens sme izolovali zástupcov druhu i rodu Buttiauxiella, ktoré patria do čeľade Enterobacteriacae. Z 21 kolónií typizovaných pomocou Maldi-Tof identifikačného systému a potvrdených fenotypizačnou diagnostikou sme taxonomicky detegovali zástupcov patriacich do 3 druhov Buttiauxiella gaviniae, B. ferragutiae, B. agrestis. Nami izolované kmene Buttiauxiella boli zväčša citlivé ku antibiotikám; kmeň B. agrestis 2/109/1 bol rezistentný ku 3 antibiotikám, avšak citlivý ku enterocínom pri inhibičnej aktivite v rozsahu od 100 do 25 600 AU/ml. Tento výsledok priniesol nové poznatky nielen v oblasti základného výskumu-mikrobioty týchto zvierat, ale aj v oblasti inhibičného spektra enterocínov, keďže rast kmeňov Buttiauxielly bol inhibovaný našimi enterocínmi, čo doposiaľ nebolo preukázané (Dr. Lauková a kol.).
  • V rámci projektu COST FA 1401 „European network on the factors affecting the gastro-intestinal microbial balance and the impact on the health status of pigs (PiGutNet)“ a medziústavnej dohody sme pokračovali v spolupráci s pracoviskom Kielanowski Institute of Animal Physiology and Nutrition, Polish Academy of Sciences, Jablonna, Poľsko, na ktorom sme uskutočnili spoločný experiment na prasatách. Pilotné výsledky pokusu, ktorého cieľom bolo sledovať vplyv rôznych foriem zinku a vlákniny v diéte na parametre produkcie, biochemické a mikrobiologické ukazovatele, minerálny a antioxidačný status zvierat boli prezentované na medzinárodných konferenciách. (Dr. Grešáková, Čobanová).

 

Niektoré staršie spolupráce:

  • Na základe programu SAV-DAAD výmeny osôb pracujúcich na spoločných projektoch medzi SR a NSR na roky 2015-2016 v rámci projektu: Hormonal dysregulations in a diabetic pregnancy (Molecular mechanisms of metabolic and stress-related adaptation of mammalian embryos in a diabetic pregnancy, zodpovedný riešiteľ za SR, RNDr. Štefan Čikoš, CSc.), pokračovala spolupráca medzi výskumnými tímami ÚFHZ a University of Martin Luther in Halle/Salle, pričom v roku 2016 boli uskutočnené dva vzájomné výmenné pracovné pobyty pre dvoch pracovníkov z každej strany (Dr. Babeľová-Kubandová a Dr. Špirková, november 2016 a Dr. Navarrete Santos a Dr. Seeling, august 2016).
  • V rámci projektu COST FA 1401 „European network on the factors affecting the gastro-intestinal microbial balance and the impact on the health status of pigs (PiGutNet)“ sa vo februári 2016 (22.-26.2.2016) konalo týždňové medzinárodné školenie (Conteporary feed production-technological and nutritional aspects). Dr. Grešáková sa spolu s ostatnými mladými vedcami zúčastnila tohto kurzu, ktorý sa konal v Srbsku (Institute of Food Technology, Research Centre Feed-to-Food, Novi Sad). Tento workshop bol zameraný na získanie zručnosti a nových poznatkov o rozdielnych technologických procesov používaných v modernej technológii výroby živočíšnych krmív, nových trendoch vo výžive zvierat ako aj špeciálnych výživových potrebách mladých zvierat. Prednášky týkajúce sa tejto problematiky boli obohatené o dva semináre prednášané dvoma zahraničnými vedcami (Belgicko, Taliansko) dlhodobo sa zaoberajúcich touto problematikou. Teoretické časti boli kombinované s praktickými ukážkami a testovaním kvality krmív v laboratóriu. Pobyt na tomto kurze prispel k nadviazaniu nových kontaktov a rozšíreniu medzinárodnej spolupráce.
  • V rámci spolupráce s Kielanowski Institute of Animal Physiology and Nutrition, Polish Academy of Sciences, Jablonna, Poľsko sme uskutočnili koncom roka na uvedenom pracovisku spoločný experiment na prasatách, ktorého cieľom bolo sledovať vplyv rôznych foriem zinku a vlákniny v diéte na parametre produkcie, biochemické a mikrobiologické ukazovatele, minerálny a antioxidačný status zvierat. Výsledky sú v štádiu spracovania (Dr. Čobanová, Dr. Grešáková).
  • V rámci spolupráce s Kielanowski Institute of Animal Physiology and Nutrition, Polish Academy of Sciences, Jablonna, Poľsko sme testovali mikrobiálny profil koní z Poľskej oblasti pre selekciu bakteriocín-produkujúcich kmeňov a stanovenie enzýmovej aktivity u fekálnych enterokokov izolovaných z trusu psov. U koní sme sa primárne zamerali na skupinu baktérií z rodov Enterococcus a Staphylococcus, pričom sme zistili, že medzi enterokokmi boli detegované pomocou Maldi-Tof analýzy 3 druhy: Enterococcus mundtii, E. faecium a E. hirae. Detegovali sme 10 druhov stafylokokov: Staphylococcus vitulinus, S. epidermidis, S. capitis, S. pasteuri, S. xylosus, S. cohnii subsp. urealyticus, S. cohnii subsp. cohnii, S. sciuri, S. warneri a S. haemolyticus. podľa analýzy 16S rRNA boli zaradené do 4 skupín. . U vyselektovaných kmeňov enterokokov z trusu psov bola testovaná amylolytická, pektinolytická a inulolytická enzýmová aktivita. Najvyššie hodnoty boli dosiahnité pri pektinolytickej aktivite (Dr. Lauková, Dr. Strompfová, Dr. Kubašová a kol.).
  • V rámci spolupráce s Fakultou Veterinárnej Medicíny, Technická Univerzita v Lisabone (Portugalsko) sme u kmeňa Lactobacillus plantarum L13 izolovaného z bažanta preukázali prítomnosť génov pre produkciu plantaricinu A, plantaricinu B, C, D, N, K, R a L. Pokračuje sa v optimalizácii purifikačného postupu pre plantaricin A u kmeňa L13 (Dr. Lauková, Dr. Kandričáková a kol.).
  • Na základe spolupráce s Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie, Viale dell Universita, Legnaro, Taliansko (Risk Analysis and Public Health Department)-Oddelenie zhodnotenia rizík z hľadiska verejného zdravia sme sa zamerali na testovanie citlivosti ku enterocínom u kmeňov kampylobakterov izolovaných z hydiny v Taliansku. Kampylobaktery izolované z hydiny v Taliansku (39 kmeňov, z toho 24 kmeňov identifikovaných ako C. jejuni a 15 kmeňov priradených ku druhu C. coli) boli testované na ich citlivosť ku antibiotikám ako aj ku enterocínom. Zistili sme, že všetky kampylobaktery boli citlivé na streptomycín a chloramfenikol a rezistentné boli najmenej ku 2 antibiotikám. Významným výsledkom však je, že väčšina kampylobakterov (s výnimkou 4 nehemolytických kmeňov C. jejuni) vrátane kmeňov rezistentných na antibiotiká boli citlivé ku 8 použitým enterocínom pri inhibičnej aktivite 100 AU/ml (z 39 testovaných kmeňov to bolo 30). Získali sme významné výsledky nielen z hľadiska spektra účinnosti našich enterocínov, ale aj z hľadiska možnej prevencie či eliminácie kampylobakterov, kde doposiaľ v súvislosti s inhibíciou sú len veľmi limitované informácie (Dr. Lauková, Dr. Ščerbová).
  • V rámci študijného pobytu (SAIA-CEEPUS) na Institute of Animal Nutrition and Functional Plant Compounds, University of Veterinary Medicine, Vienna, Austria (apríl-jún 2016) pokračovala Dr. Oceľová v analýzach tymolu v gastrointestinálnom trakte hydiny pomocou plynovej chromatografie (SPME-GC-MS). Počas svojho pobytu Dr. Oceľová prezentovala svoje doterajšie výsledky získané z predchádzajúcich pobytov na tomto pracovisku na dvoch konferenciách.
  • METHAGENE sieť spája výskumníkov z celej Európy pri práci na nových riešeniach v chovoch zameraných na šľachtiteľské programy, ktoré by viedli k zníženiu emisií metánu z prežúvavcov. METHAGENE v rámci krátkodobých stáži mladých vedeckých pracovníkov (STSM) umožňuje rozvíjať väzby a vedeckú spoluprácu medzi zúčastnenými inštitúciami zapojenými do tejto COST akcie. V rámci projektu COST ACTION FA1302 – METHAGENE sme sa zúčastnili (Dr. Váradyová, Dr. Kišidayová a Dr. Pisarčíková) spolu s ďalšími 49 výskumnými pracovníkmi z celej Európy na workshope, ktorý sa konal 12. – 14. októbra 2016 v Padove (Taliansko). Dr. Pisarčíková na tomto workshope prezentovala výsledky svojej práce z dvojmesačnej stáže v rámci projektu METHAGENE-STMS vo Švajčiarsku (ETH Zürich, Switzerland) na tému „Usefulness of rumen fluid collected from slaughtered cattle to estimate within- and between-breed variation in methane emission potential in vitro“. S finančnou podporou projektu METHAGENE-STMS sa zúčastnila mesačného zahraničného pobytu v INRA vo Francúzsku aj ďalšia mladá vedecká pracovníčka nášho ústavu Dr. Lívia Kolesar Fecskeová v laboratóriu Dr. Diega Morgaviho. Pod vedením Dr. Milky Popovej spolupracovala na téme „Transcriptomic study of the metabolism of rumen methanogen“ v rámci štúdia bachorových metanogénov (máj-jún 2016, INRA, Clermont Ferrand, France). (Dr. Váradyová).
  • V rámci študijného pobytu v USA (laboratórium prof. Angely Calderon, Drug Discovery and Development Department, Auburn University, Harrison School of Pharmacy) Dr. Jana Pisarčíková cez štipendijný program SAIA (28. september 2015 – 31. január 2016) študovala stabilitu, metabolizmus a biologickú dostupnosť bioaktívnych prírodných produktov pomocou LC-MS.
  • Wageningen University, Wageningen, Holandsko v rámci spolupráce na charakterizácii nových druhov bachorových aktinobaktérií boli popísané dva nové druhy aktinobaktérií – Actinomyces succiniciruminis a A. glycerinitolerans. Spoločný článok bol publikovaný v časopise Journal of Systematic and Applied Microbiology (Dr. Pristaš). Pokračovali sme v charakterizácii genómu A. glycerinitolerans G10 a článok na túto tému bol akceptovaný v časopise Genome announcements.
  • The National Veterinary Research Institute, Pulawy, Poľsko – pokračovali sme v spolupráci pri charakterizácii a animálnych izolátov z exotických zvierat transportovaných do Poľska. Charakterizovali sme viaceré izoláty z exotických korytnačiek a hadov a detegovali sme výskyt rezistencie voči vybraným antibiotikám a identifikovali sme plazmidy u viacerých izolátov (Dr. Pristaš).

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *