| 1. | Demänovský jaskynný systém | 32888 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 2. | Stratenská jaskyňa - Psie diery | 21737 m | | Spišsko-gemerský kras | Slovenský raj |
| 3. | Jaskyňa Mŕtvych netopierov | 17118 m | | Nízke Tatry | Ďumbier |
| 4. | Jaskyňa Zlomísk | 10421 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 5. | Javorinka | 7531 m | | Východné Tatry | Vysoké Tatry |
| 6. | Jaskyňa Skalistého potoka | 5689 m | | Slovenský kras | Jasovská planina |
| 7. | Domica-Čertova diera | 5368 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 8. | Starý hrad | 5257 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 9. | Jaskyňa v Záskočí - Na Predných | 5034 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 10. | Čachtická jaskyňa | 4050 m | | Malé Karpaty | Nedze |
| 11. | Liskovská jaskyňa-Jaskyňa L-2 | 3708 m | | Podtatranská kotlina | Chočské podhorie |
| 12. | Stanišovská jaskyňa | 3111 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 13. | Bobačka | 3036 m | | Spišsko-Gemerský kras | Muránska planina |
| 14. | Moldavská jaskyňa | 2969 m | | Košická pahorkatina | Medzevská pahorkatina |
| 15. | Jasovská jaskyňa | 2811 m | | Košická pahorkatina | Medzevská pahorkatina |
| 16. | Harmanecká jaskyňa | 2763 m | | Veľká Fatra | Bralná Fatra |
| 17. | Belianska jaskyňa | 2531 m | | Belianske Tatry | Vysoké Tatry |
| 18. | Nová Stanišovská jaskyňa | 2334 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 19. | Systém Čiernohorských jaskýň | 2316 m | | Východné Tatry | Vysoké Tatry |
| 20. | Javorová priepasť | 2249 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 21. | Systém Suchá diera - Mokrá diera | 1764 m | | Východné Tatry | Vysoké Tatry |
| 22. | Zápoľná priepasť | 1721 m | | Kozie chrbty | Važecký chrbát |
| 23. | Jaskyňa Studeného vetra | 1710 m | | Nízke Tatry | Ďumbier |
| 24. | Podbanište - Jaskyňa nad Kadlubom | 1554 m | | Revúcka vrchovina | Železnícke predhorie |
| 25. | Ardovská jaskyňa | 1550 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 26. | Suchá jaskyňa č.1 | 1541 m | | Veľká Fatra | Hôľna Fatra |
| 27. | Gombasecká jaskyňa | 1525 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 28. | Štefanová č.1 | 1521 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 29. | Dobšinská ľadová jaskyňa | 1491 m | | Spišsko-gemerský kras | Slovenský raj |
| 30. | Sokolová jaskyňa | 1460 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 31. | Brestovská jaskyňa | 1450 m | | Západné Tatry | Roháče |
| 32. | Medvedia jaskyňa | 1420 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 33. | Drienovská jaskyňa | 1338 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 34. | Večná robota | 1337 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 35. | Jaskyňa v ponore Jašteričieho jazera | 1189 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 36. | Krásnohorská jaskyňa | 1100 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 37. | Silická ľadnica | 1100 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 38. | Jaskyňa Homola | 1058 m | | Spišsko-Gemerský kras | Muránska planina |
| 39. | Jaskyňa na Kečovských lúkach | 1010 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 40. | Bystrianska jaskyňa | cca 1000 m | | Horehronské podolie | Bystrianske podhorie |
| 41. | Okno | 930 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| 42. | Kunia priepasť | 813 m | | Slovenský kras | Jasovská planina |
| 43. | Milada | cca 800 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 44. | Hrušovská jaskyňa | 780 m | | Slovenský kras | Silická planina |
| 45. | Hučiaca vyvieračka | 768 m | | Slovenský kras | Plešivecká planina |
| | ďalšie jaskyne | | | mimo oficiálneho | poradia |
| | Suchá jaskyňa | 705 m | | Nízke Tatry | Demänovské vrchy |
| | Driny | 680 m | | Malé Karpaty | Smolenická vrchovina |
| | Jaskyňa v Novom č.3 | 674 m | | Východné Tatry | Vysoké Tatry |
| | Veľké Prepadlé | 638 m | | Malé Karpaty | Homoľské Karpaty |
| | Jaskyňa nad vyvieračkou | 620 m | | Malá Farta | Krivánska Fatra |
| | Bystriansky závrt | cca 600 m | | Horehronské podolie | Bystrianske podhorie |
| | Zlatá diera | 593 m | | Spišsko-Gemerský kras | Slovenský raj |
| | Modrovská jaskyňa | 570 m | | Považský Inovec | Nízky Inovec |