| Poradie v | Názov | dĺžka | | planina |
| krase | SR | | | | |
| 1. | 6. | Jaskyňa Skalistého potoka | 5689 m | | Jasovská planina |
| 2. | 7. | Domica-Čertova diera | 5368 m | | Silická planina |
| 3. | 14. | Moldavská jaskyňa | 2969 m | | Medzevská pahorkatina |
| 4. | 15. | Jasovská jaskyňa | 2811 m | | Medzevská pahorkatina |
| 5. | 25. | Ardovská jaskyňa | 1550 m | | Silická planina |
| 6. | 27. | Gombasecká jaskyňa | 1525 m | | Silická planina |
| 7. | 33. | Drienovská jaskyňa | 1338 m | | Silická planina |
| 8. | 35. | Jaskyňa v ponore Jašteričieho jazera | 1189 m | | Silická planina |
| 9. | 36. | Krásnohorská jaskyňa | 1100 m | | Silická planina |
| 10. | 37. | Silická ľadnica | 1100 m | | Silická planina |
| 11. | 39. | Jaskyňa na Kečovských lúkach | 1010 m | | Silická planina |
| 12. | 45. | Hučiaca vyvieračka | 1000 m | | Plešivecká planina |
| 13. | 42. | Kunia priepasť | 813 m | | Jasovská planina |
| 14. | 43. | Milada | cca 800 m | | Silická planina |
| 15. | | Nová Brzotínska jaskyňa | 800 m | | Plešivecká planina |
| 16. | 44. | Hrušovská jaskyňa | 780 m | | Silická planina |