Vedecké oddelenia sú priamo podriadené riaditeľovi pracoviska. Ich poslaním je výkon hlavnej činnosti, t.j. vedecko-výskumná práca, publikačná činnosť a realizácia výsledkov tohto výskumu. Do vedeckej činnosti zapájajú kmeňových pracovníkov ústavu, školených doktorandov, externých spolupracovníkov, prípadne pracovníkov iných organizácií. Zaisťujú kvalitné plnenie grantových a zmluvných úloh, zahraničných aj domácich vedeckých a vedecko-technických projektov. Podieľajú sa na získavaní mimorozpočtových zdrojov ústavu. Na základe potencionálnych predpokladov a prípadnej spoločenskej aktuálnosti navrhujú nové grantové projekty VEGA, vedecko-technické projekty financované aj z rozpočtu SAV, integrované projekty vedy a techniky financované aj z rozpočtu SAV, vedecko-výskumné štúdie a projekty medzinárodnej vedecko-technickej spolupráce.
        Pre riešenie konkrétnych vedeckých alebo vedecko-technických projektov, ktoré majú interdisciplinárny charakter, sa na dobu riešenia vytvárajú riešiteľské kolektívy, riadené zodpovedným riešiteľom projektu. Na čele riešiteľských tímov (grantových, vedecko-technických, medzinárodných a iných typov projektov, štátnych objednávok a obchodných zmlúv) stoja vedúci projektov, ktorých funkcia sa odvíja od autorstva alebo získania daného projektu.

        Charakteristika jednotlivých oddelení: