Základná výskumná oblasť takto premenúvaného ústavu sa v rámci odboru menila v súlade s vývojom a požiadavkami spoločnosti. Baníctvo bolo na Slovensku odvetvím s najdlhšou históriou a veľkou tradíciou. Jeho útlm resp. likvidácia mnohých prevádzok-odvetví v období po vzniku Slovenskej republiky (1993) sa odzrkadlili aj na vedeckej činnosti Ústavu geotechniky SAV, ktorý musel reagovať na tieto podmienky zmenou niektorých svojich vedeckých aktivít. Preto ústav vyvíja okrem oblasti baníctva aj aktivity pri ochrane životného prostredia v okolí priemyselných činností, hygieny v pracovnom prostredí, monitorovaní životného prostredia sídelných aglomerácií, chránených oblastí a jaskynných systémov, pri výstavbe diaľničných tunelov, aplikácie biotechnológií pri dekontaminácii zemín od ropných látok, využití ferokvapalín pri separácií minerálov, aplikácie čistých uhoľných technológií, mechanochémie a nanotechnológií pre výrobu nových materiálov, využitie ferokvapalín a minerálnych biotechnológií pri odstraňovaní znečistenia životného prostredia a fytoenergetika.